Bioshock & Nbsp; No início do jogo, o jogador-personagem Jack é um passageiro de um avião que desce no Oceano Atlântico em 1960, depois que a sociedade ordenada em Rapture entrou em colapso. Depois de emergir, Jack encontra-se o único sobrevivente do acidente, e nada para um farol elevado próximo em uma ilha, onde ele encontra uma bathysphere que ele usa para descer no oceano e entrar na cidade de Rapture. Um irlandês chamado Atlas usa o rádio de serviço encontrado na batisfera para ajudar Jack a fazer o seu caminho para a segurança. Enquanto isso, Ryan, acreditando que Jack é um agente de uma nação de superfície, usa os sistemas automatizados do Rapture e seus splicers controlados por feromônios para tentar matar Jack. Atlas diz a Jack que a única maneira que ele pode sobreviver é usar as habilidades concedidas pelos plasmídeos, e que ele deve matar as Irmãs Pequenas para extrair seu ADAM. Ouvindo as palavras de Atlas, o Dr. Tenenbaum, o criador das Pequenas Irmãs, intercepta Jack, e insta-o a salvar as Pequenas Irmãs, dando-lhe um plasmídeo que deslocará as lesmas do mar em cada Irmã. Atlas diz que sua esposa e filho foram escondidos em um submarino e direciona Jack para ele. Assim como Jack e Atlas atingem a baía onde ela está localizada, Ryan a destruiu; Um Atlas enfurecido pede a Jack para matar Ryan. & Nbsp;
Eventualmente, depois de completar tarefas durante o Rapture (como salvar uma floresta artificial de morrer e ajudar um artista insano a construir sua escultura), Jack confronta Ryan, que está casualmente jogando golfe em seu escritório. Ryan revela uma verdade que ele reuniu: Jack nasceu em Rapture há apenas dois anos, geneticamente modificado para amadurecer rapidamente. Ele é filho ilegítimo de Ryan por um caso com Jasmine Jolene, uma dançarina. Quando Jolene ficou grávida de Jack, ela (em uma necessidade desesperada de dinheiro) teve seu embrião removido cirurgicamente e vendeu para o maior lance. Ela não tinha percebido que era Frank Fontaine quem comprou o filho, levando a sua morte por um Ryan enfurecido. Ryan revela ainda que, depois de comprar o embrião de Jack, Fontaine o projetou para obedecer ordens que são precedidas pela frase específica "Você amavelmente ...". Jack foi então enviado para a superfície quando a guerra começou a colocá-lo para além do alcance de Ryan. Quando o conflito entre Fontaine e Ryan chegou a um impasse, Jack foi enviado instruções para embarcar em um vôo com um pacote e usar seu conteúdo, um revólver, para seqüestrar e bater o avião perto do farol, permitindo-lhe voltar ao Rapture como uma ferramenta De Fontaine.Como Jack era o filho de Ryan, ele podia usar livremente a rede de bathysphere do Rapture, que fora bloqueada para todos, exceto aqueles dentro do "ballpark" genético de Ryan. Finalmente, Ryan tem Jack matá-lo, querendo morrer em seus próprios termos. Com a morte de Ryan, Jack percebe tarde demais que Atlas também tem usado a frase de gatilho para controlá-lo. Atlas revela-se como Fontaine, que fingiu sua morte para jogar Ryan fora de sua trilha e assumir o controle da cidade, deixando Jack à mercê dos sistemas de segurança reativados. Dr. Tenenbaum e suas Irmãs Pequenas ajudam Jack a escapar pelo sistema de ventilação, onde ele cai e perde a consciência.Quando Jack acorda, o Dr. Tenenbaum já desativou algumas de suas respostas condicionadas (como a própria frase de gatilho) e ajuda-o a quebrar as restantes, entre elas uma que teria eventualmente parado seu coração. Quando fica claro para Fontaine que está perdendo o controle de Jack, Fontaine aponta o fato peculiar de que Tenenbaum sobreviveu tanto à Segunda Guerra Mundial como vítima do Holocausto quanto à batalha em Rapture, insinuando que ela tem uma agenda secreta própria. Com a ajuda das Irmãs Pequenas, Jack é capaz de rastrear Fontaine. Fontaine, tendo sido encurralado, injeta-se com grandes quantidades de ADAM e torna-se um monstro desumano. Jack batalha Fontaine, eventualmente prevalecendo e permitindo que as Irmãs Menores para subjugar e extrair o ADAM de Fontaine, matando-o.
Três terminações são possíveis dependendo de como o jogador interagiu com as Irmãs Pequenas, todas narradas pelo Dr. Tenenbaum. Se o jogador não colheu Little Sisters (salvando assim suas vidas), o final mostra cinco Little Sisters retornando à superfície com Jack e vivendo vidas completas sob seu cuidado, incluindo a sua formatura da faculdade, se casar e ter filhos; Ele termina em um tom de aquecimento do coração, com um Jack idoso cercado em seu leito de morte por todas as cinco pequenas irmãs adultas.
Se o jogador colheu (e assim matou) todas ou quase todas as Little Sisters, o jogo termina com Jack virando as Irmãs depois de derrotar Fontaine, presumivelmente matando todas elas e tomando seu ADAM. Tenenbaum narra o que ocorreu, condenando Jack e suas ações, voz grossa com raiva e desprezo. Mais tarde, no segundo final, um submarino de classe George Washington transportando mísseis nucleares vem através dos destroços do avião e de repente é cercado por bathyspheres contendo Splicers. Os Splicers matam todas as mãos a bordo do submarino e assumem o controle dele.
Se o jogador matou mais de uma Irmãzinha, mas não o suficiente para obter o final anterior, o final é visualmente idêntico ao segundo, embora o tom da voz de Tenenbaum seja triste, em oposição a raiva e não há Pequenas alterações de diálogo
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